Причина

Время по-умолчанию в Windows хранится как локальное, а в Linux - как UTC.

Решение

Изменим формат хранения времени в Linux. На примере Ubuntu проверим настройки времени:

sudo timedatectl

Результат выполнения команды:

      Local time: Ср 2017-02-22 14:02:10 EET
  Universal time: Ср 2017-02-22 12:02:10 UTC
        RTC time: Ср 2017-02-22 12:02:10
       Time zone: Europe/Kaliningrad (EET, +0200)
 Network time on: yes
NTP synchronized: no
 RTC in local TZ: no

Изменим настройки хранения времени:

sudo timedatectl set-local-rtc 1 --adjust-system-clock

Проверяем результат:

      Local time: Ср 2017-02-22 14:02:10 EET
  Universal time: Ср 2017-02-22 12:02:10 UTC
        RTC time: Ср 2017-02-22 12:02:10
       Time zone: Europe/Kaliningrad (EET, +0200)
 Network time on: yes
NTP synchronized: no
 RTC in local TZ: yes